Có nhiều phương pháp chọn tạo giống cây trồng khác nhau, bao gồm cả các phương pháp tự nhiên và nhân giống. Phương pháp tự nhiên bao gồm các phương pháp như giống học, giống học tự nhiên và giống học tự do. Phương pháp nhân giống bao gồm các phương pháp như giống học nhân tạo, giống học nhân tạo tự do và giống học nhân tạo điều khiển. Mỗi phương pháp có những ưu điểm và nhược điểm riêng biệt, và cần được xem xét kỹ lưỡng trước khi quyết định phương pháp nào sẽ được sử dụng.